呼和浩特市中医蒙医院针灸中心是“国家中医针灸临床医学研究中心分中心（培育单位）”，也是“国家中医针灸临床医学研究中心协同创新网络成员单位”。针灸中心在“国家中医针灸临床医学研究中心”部署和指导下，以“呼和浩特市中蒙医院石学敏国医大师传承工作室建设”为平台，通过石学敏国医大师传承工作室专病数据库建设，搭建内蒙古自治区经穴效应协同创新单位联盟，协同整合多学科资源，以临床应用为导向，致力打造国家中医针灸临床医学研究中心分中心，提升“人才、学科、临床、科研”四位一体的创新能力，开展临床研究、协同创新、学术交流、人才培养、成果转化、推广应用等。 针灸中心依托呼市中蒙医院中医针灸科、蒙医五疗科和中医康复中心。中医针灸科始创于1978年，是内蒙古自治区第一批中医（蒙医）特色优势重点专科；蒙医五疗科是国家中医药管理局“十二五”重点专科；中医康复医学科是内蒙古自治区中医（蒙医）特色优势重点专科及临床重点专科。蒙医五疗科荣获“自治区五一劳动奖章”、“自治区工人先锋号”、“全区用户满意服务明星班组”等荣誉称号。2019年6月中医康复中心与国家中医药管理局区域针灸诊疗中心联盟签署了战略合作协议。2020年11月，中医康复中心与天津中医药大学第一附属医院签署了在“国家中医针灸临床医学研究中心”框架下开展合作项目协议；在此协议框架下，2021年3月学科作为协作单位与全国20多家三甲中医院共同协作完成“国家重点研发计划（2019YFC0840709）”——针灸治疗中风病的病例注册登记研究。2021年7月，中医康复中心与“国家中医针灸临床医学研究中心”签署了“呼和浩特市蒙医中医医院石学敏国医大师传承工作室建设项目框架协议”。“石学敏国医大师传承工作室”是我市医疗卫生系统首家也是唯一国医大师传承工作室。 目前针灸中心开放床位数达130余张，下设1个石学敏国医大师传承工作室、3个针灸类病区、3个亚专科门诊即针灸专病门诊（中医针灸科）、针灸特色（蒙医）门诊（蒙医五疗科）、针灸康复门诊（中医康复中心）。针灸临床治疗形成了“有专病、有特色、有康复、有传承”的“四有”深度融合的系统化、规范化针灸诊疗中心。年均门诊量10万人次。累计治疗中风病患者达到5万人次。针灸临床服务能力全区前列。学科推广石学敏院士创立的“醒脑开窍”理论，推广构建“石氏中风单元”，创制系列针灸新技术，主编《实用芒针联合诊疗技术集萃》等专著。成果推广至全区。目前针灸中心及网协单位联盟具有“享受国务院特殊津贴1人”，高级职称 112人，硕士生导师 20人；具有博士学位 10人，硕士学位 120人。学术带头人为樊海龙博士。学术团队以中青年为主，学缘结构合理，包括中医学、蒙医学、临床医学、康复医学、脑病介入、循证医学等多学科人才。在临床治疗取得显著疗效的同时，也开展了以针灸防治重大疾病的临床及机制研究为主体的专科特色科学研究，近5年共承担各级科研项目10余项。其中国家级科研项目4项，省部级科研项目5项；获得省部级以上科技奖励3项；发表学术论文50余篇等。